南京注册旅游客运公司代办的费用根据不同的具体情况会有所不同，以下是一些可能影响费用的因素：
1. 公司类型：不同类型的旅游客运公司可能需要不同的注册手续和文件，因此费用也会有所不同。例如，注册一个有限责任公司（LLC）可能会比注册一个个人独资企业要昂贵一些。
2. 注册地点：南京市不同地区的行政成本和相关手续可能有所不同，因此注册费用也会有所差异。
3. 公司规模：注册旅游客运公司的规模越大，需要处理的文件和手续就越多，因此费用也会相应增加。
4. 代办机构：如果选择通过代办机构来办理注册手续，他们可能会收取一定的服务费用。这些费用可能根据代办机构的声誉、经验和服务质量而有所不同。
因此，无法给出一个具体的费用数字。如果您有意注册旅游客运公司，建议您咨询专业的注册服务机构，他们可以根据您的具体情况提供准确的费用估算和详细的办理流程。
