南京注册五谷磨坊公司的流程及费用是一个复杂的过程，涉及到多个环节和费用项目。下面是一个大致的流程及费用的概述，以供参考：
1. 公司名称核准：
首先，您需要确定公司的名称，并向南京市工商行政管理局提交申请，以核准公司名称。这一步的费用通常为200元左右。
2. 公司注册资本：
您需要决定公司的注册资本额度，并向银行开立一个公司银行账户，将注册资本存入该账户。注册资本的金额根据您的需求而定。
3. 公司章程起草：
公司章程是公司的基本管理规范，您可以请律师起草或使用模板。费用取决于律师费用或模板的购买费用。
4. 公司登记：
将公司章程、注册资本、股东信息等相关文件提交给南京市工商行政管理局进行公司登记。登记费用通常为1000元左右。
5. 税务登记：
在公司登记后，您需要前往税务局进行税务登记。税务登记包括增值税、企业所得税等。具体费用根据公司的业务性质和规模而定。
6. 社保和公积金：
作为雇主，您需要为员工办理社会保险和住房公积金。具体费用根据员工人数和工资基数而定。
7. 营业执照：
在完成以上步骤后，您将获得公司的营业执照。营业执照是公司合法经营的凭证。
需要注意的是，以上费用仅供参考，具体费用可能因个体情况而有所不同。同时，公司注册还涉及到其他一些环节和费用，如印章制作费、年检费等。建议您在具体办理过程中咨询相关部门或专业人士，以确保准确性和及时性。
